非法营运被扣车，应先配合执法。依据《道路运输条例》，未取证擅自营运，会面临罚款等处罚。若不配合处理，依据法规可能面临更严重的后果，如刑事责任。
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非法营运扣车处理：1.确认是否非法营运，了解法规。2.若非法，配合执法，缴纳罚款。3.办理合法营运证件，合规经营。
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处理方式一般为：了解非法营运定义，确认是否取得营运证件。若未取证营运，按《道路运输条例》规定，需停止经营，缴纳罚款。应尽快办理合法营运手续，避免再次被罚。