工厂扣除员工工资需依法进行。依据《工资支付暂行规定》，仅当员工本人原因造成经济损失时，才可扣除，且扣除有限额。若随意扣除，可能导致员工生活困难，甚至违反法律规定，引发劳动纠纷。
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工厂扣工资需谨慎。操作方式：1.确认扣除原因是否合法；2.扣除前与员工沟通，说明原因及依据；3.确保扣除后工资不低于最低工资标准；4.如员工有异议，及时协商解决，避免纠纷。
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工厂扣除员工工资常见处理方式为：依规扣除或协商解决。若确因员工原因造成损失，且符合扣除条件，则依规扣除；否则，应与员工沟通协商，避免不必要的纠纷。